Mokykla savo veiklą pradėjo 2003 m. rugsėjo mėn. 1 dieną. Ji įsteigta po „Aitvaro“ gimnazijos reorganizavimo į dvi mokyklas: „Gabijos“ pagrindinę mokyklą (1 - 8 kl.) ir „Aitvaro“ gimnaziją (9 - 12 kl.). Nuo 2011 m. – „Gabijos“ progimnazija. 

Dėstomoji kalba - rusų.

Vykdomos pradinio ugdymo (1-4 kl.), pagrindinio ugdymo I dalies (5-8 kl.) ir neformaliojo švietimo  programos.